公元2005年突然入侵的宇宙海盗在地球收齐了12个宇宙胶囊，并利用其力量完成了对地球的征服，整个地球被黑暗笼罩。到了公元2500年，地球和其他星球的人组成反抗军将一支小型舰队送入虫洞回到2005年以便改变历史，鲨鱼队长率领的战士，超星…

从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象…